Собор святителя Петра, митрополита Московского
Высоко-Петровский монастырь.
Изначально на месте собора находилась деревянная церковь во имя апостолов Петра и Павла. После смерти и канонизации митрополита Петра храм в 1339 году переосвятили в его честь.
В 1514—1517 годы деревянный храм был перестроен в камне архитектором Алевизом Новым. Является одним из самых ранних примеров столпообразных храмов в русском зодчестве. По высоте он соответствует невысокой деревянной застройке первоначального ансамбля монастыря.
В 1689-90 годах собор был отремонтирован, была построена белокаменная открытая галерея-паперть вокруг храма. Собор повторно освятили в присутствии Петра I.
В 1691 году Климом Михайловым был закончен иконостас.
В 1713—1714 узкие окна собора были расширены в широкие квадратные проемы.
В 1920-е годы вместе с монастырём собор был закрыт. Иконостас сохранялся в нём до начала 1940-х годов. До 1980-х годов собор использовался как склад Дирекции художественных фондов Министерства культуры РСФСР.
В 1984 году собор был восстановлен в формах архитектуры XVI века архитектором Б. П. Дедушенко во время реставрации комплекса монастыря.
В 1990-е годы собор был передан Патриаршему подворью Высоко-Петровского монастыря. Для храма создали новый иконостас и выполнили фресковую живопись в соответствии с современными представлениями о росписях древнерусских храмов.
3 января 1998 года состоялось освящение храма.

Церковь Толгской иконы Божией Матери
Одноглавую церковь на подклети, прямоугольную в плане, бесстолпную, с 5-гранной апсидой в стиле барокко возвели между колокольней и Братским корпусом. Западный фасад, на котором раньше в центре была икона, выходит на Петровку. Стены снаружи декорированы сдвоенными пилястрами, главка прорезана узкими окнами и украшена волютами. Проект храма принадлежит, предположительно, И. Ф. Мичурину или его ученику. Церковь построена на средства статс-дамы Н. А. Нарышкиной, родственницы Петра I по материнской линии.
Церковь была построена в 1744—1750 годах между колокольней и Братским корпусом Высоко-Петровского монастыря и освящена в честь Толгской иконы Божией Матери. Список Толгского образа был выполнен в 1740-х годах Иваном Андреевым. В настоящее время икона находится в запасниках Государственного исторического музея.
Церковь была заложена в день празднования в честь этой иконы, так как 8 августа по старому стилю, Пётр I спасся в стенах Троице-Сергиевой Лавры от стрелецкого бунта 1689 года.
Толгскую церковь закрыли после Октябрьской революции в 1926 году. Сначала в ней располагались коммунальные квартиры, затем склад Росизопропаганды. Отреставрирована Б. П. Дедушенко. Заново освящена 10 октября 1999 года малым чином.

К началу XX века Высоко-Петровская обитель обладала богатейшей ризницей. В монастыре хранились три Евангелия XVII века, серебряные кресты с частицами Креста Господня, камни от Гроба Господня, мощи великомучеников Феодора Стратилата, Пантелеимона, Иоанна Воина, святителя Алексия, митрополита Московского, преподобных Анастасия Синаита, Григория Декаполита, списки с Боголюбской, Владимирской, Толгской икон Божией Матери, копия 1701 года с Влахернской иконы, образ святителя Петра с частицей мощей, список с Казанской иконы Божией Матери.
После революции всё было разграблено. С началом возвращения зданий монастырю постепенно стали появляться новые святыни.

Храм во имя прп. Сергия Радонежского
Главной святыней монастыря является часть мощей святителя Петра, митрополита Киевского, Московского и всея Руси чудотворца. 20 февраля 2010 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл передал обители ковчег с частью мощей Петра. Этот ковчег пребывает в алтаре Сергиевского храма, а по субботам во время полиелея на всенощной выносятся на поклонение верующих.

В 2003 году один из благотворителей обители, Е. М. Ряпов, подарил ей выкупленные святыни, которые некогда принадлежали Патриарху Алексию I (Симанскому): частицы мощей преподобного Серафима Саровского, лоскут его мантии и фрагмент камня, на котором святой молился тысячу дней и ночей.
В 2004 году монастырю передали частицу мощей преподобного Сергия Радонежского.
Ростовая икона святителя Киевского, Московского и всея Руси Петра, первого московского митрополита, всея Руси чудотворца, основателя Высоко-Петровского монастыря — является самой почитаемой иконой в Высоко-Петровской обители. В иконе находится частица мощей святителя Петра, переданная обители Святейшим Патриархом Московским и всея Руси КИРИЛОМ 20 февраля 2010 года.
На обороте иконе изображен Московский Кремль с видом на Успенской собор, под стенами Кремля изображен Высоко-Петровский монастырь.
Икона постоянно находится в Сергиевском храме Высоко-Петровского монастыря и доступна для поклонения всем желающим, каждое утро перед этой иконой совершается братское правило с молебном святителю Петру в 7:00.
Из Киево-Печерской Лавры был привезен ковчег с частицами мощей всех преподобных отцов Киево-Печерских[.
В том же Сергиевском храме — частицы мощей святых апостолов Петра и Павла, святителя Спиридона Тримифунтского, священномученика Фаддея Тверского, Иова Почаевского, Нила Столобенского, Алексия и Германа Зосимовских и других святых.
30 апреля 2013 года Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом в дар монастырю был передан крест с частицей Креста Господня.

Храм во имя преподобного Сергия Радонежского.
Построен как трапезная церковь в 1690—1702 годах на месте южного деревянного корпуса монастыря в стиле нарышкинского барокко. Одновременно с церковью построены Братские кельи, соединенные с ней арочным переходом. Внутренние работы и иконостас завершены в 1697 году. Над центральной главой церкви было помещено изображение царской короны.
Церковь стоит в середине монастырского комплекса, разделяя его территорию надвое. Представляет собой двусветный трёхапсидный четверик с примыкающей с запада трапезной и парадным крыльцом, на подклете, с гульбищем на аркадах. Этот тип композиции широко разработан в трапезных крупных монастырей. Изначально церковь была одноглавой, но в 1702—1705 годах свод и главы были переделаны. Стены четверика были надстроены и на них был возведен новый свод с пятиглавым завершением, четверик был украшен кокошниками с раковинами. Главный престол — преподобного Сергия Радонежского. Над рундуком высокого крыльца прежде размещался балкон, предназначавшийся для царских выходов во время торжественных богослужений или крестных ходов. Во внешнем декоре здания обильно использован белый камень, из которого выложены сложные обрамления окон и порталов, раковины в кокошниках, основания шеек глав и другие детали.
В 1808 году была разобрана галерея-паперть и надарочный переход, соединявший паперть церкви с галерей Братского корпуса. В 1862—1863 годах церковь была отремонтирована, были обустроены и освящены приделы святителя Алексия Московского и святителя Митрофана Воронежского, позже не восстановленные.
В 1919 году церковь закрыта, а помещение отдано Центральной медицинской библиотеке, а затем заводу. В 1930-е годы главы с крестами были разрушены и восстановлены Б. П. Дедушенко в 1960-х. В 1980-х годах в церкви располагался репетиционный зал танцевального коллектива «Березка».
В 1992 году в церкви проведено малое освящение Патриархом.
В начале 2000-х годов крыльцо церкви преподобного Сергия Радонежского постройки 1690—1696 годов разрушено и заменено новоделом.

Роспись потолка и стен трапезной храма преподобного Сергия Радонежского
Высоко-Петровский монастырь