В смысловом и композиционном центре этой «живоподобной» иконы находится холм, названный Сионом. В 1656 году здесь был основан Воскресенский мужской монастырь, главный храм которого сооружен по образу храма Гроба Господня в Иерусалиме. К востоку от подмосковного Сиона расположен холм Елеон, соответствующий Елеонской горе к востоку от древнего Иерусалима, где, как повествует Евангелие, жили в селении Вифания жены-мироносицы Марфа и Мария и брат их Лазарь, воскрешенный Спасителем.

В Гефсиманском саду на Елеоне Господь наш Иисус Христос молился перед взятием под стражу, с Елеона шел в Иерусалим на Крестные страдания, с вершины этой горы вознесся на Небо. Согласно пророчеству, на горе Елеонской станут ноги Господа и в день Его Второго Пришествия (Зах. 14:4). В Новом Иерусалиме на холме Елеон находилось при Патриархе Никоне село Вознесенское с одноименной деревянной церковью и каменный Поклонный Крест, над которым в последней четверти XVII века была сооружена Елеонская часовня. В восточной части холма Святейшим Никоном был устроен женский монастырь, «нарицаемый Вифания», с храмом Входа Господня в Иерусалим.

Север Русской Палестины создает образ Галилеи. Здесь находятся холмы Фавор, Ермон и село Никулино (Микулино), переименованное после постройки в нем церкви Преображения Господня в село Преображенское. Здесь же были селения Назарет и Капернаум, напоминавшие о святых местах евангельской Галилеи, где жил и проповедовал Христос.

К югу от Воскресенского монастыря стояла на погосте древняя деревянная церковь святого пророка Илии. Далее к юго-востоку находилось село Петровское с деревянной церковью Рождества Христова начала XVII века. Эта местность знаменовала Вифлеем — селение, где родился Спаситель. Оно расположено к югу от древнего Иерусалима, и путь к нему идет мимо известного с IV столетия монастыря святого пророка Илии.

По земле Русской Палестины течет река Истра, очень похожая на Иордан, чьи воды освящены Крещением Господним. История христианского мира знает немало примеров воспроизведения палестинских святынь. Но только в Новом Иерусалиме образ Святой Земли воссоздан в иконографической полноте, со всеми местами земной жизни Христа Спасителя.